… Seine Kindheit und Jugend verbrachte Phil-ipp II. fast ausschließlich in Kastilien. Seinen Vater, der sich seiner Reichs-, Europa- und Mittelmeerpolitik widmete, sah er in jenen Jahren kaum. Er wuchs somit mehrheitlich unter der Obhut seiner Mutter auf, die jedoch bereits 1539 starb, als der Prinz gerade zwölf Jahre alt war. Auch wenn seine Lehrer, allesamt humanistisch gebildete akademische Größen ihrer Zeit, seine Studienleistungen lobten, machte der künftige König anfänglich nur bescheidene Lernfortschritte. Die Jagd schien ihm da schon spannender zu sein.
Trotz der nachdrücklichen väterlichen Aufforderung, die Idiome seiner künftigen Unter‧tanen oder zumindest Französisch zu erlernen, glänzte Philipp II. zeit seines Lebens nicht mit sonderlichen Sprachkenntnissen. Portugiesisch, seine Muttersprache ebenso wie das Idiom seiner ersten Ehefrau, konnte er zumindest sprechen. Weitere Sprachen seiner Untertanen mag er zwar rudimentär verstanden haben, doch er beherrschte sie nicht aktiv. Italienische, französische, deutsche oder katalanische Texte ließ er sich ebenso ins Kastilische übertragen wie niederländische Papiere, ganz zu schweigen von englischen Dokumenten. Philipp II. war also kein Sprachtalent, obwohl er später in seiner Bibliothek im Klosterpalast von El Escorial griechische und arabische Manuskripte sammelte und auch sehr an amerikanischen Sprachen interessiert war. Doch die Erstellung indigener Grammatiken forcierte er aus Gründen der Missionierung und nicht wegen seines Interesses an Fremdsprachen.
Der junge Prinz wurde von seinem Vater schon sehr bald aus der Kindheit gerissen. Denn im Frühjahr 1543 verließ Karl V. neuerlich die Iberische Halbinsel, um sich seiner Reichspolitik zu widmen. Er betraute für den Zeitraum seiner Abwesenheit nicht nur seinen jungen Sohn mit der Regierung der spanischen Monarchie, sondern entschied sich auch, den Prinzen zu verheiraten. Hier stand neuerlich eine portugiesische Hochzeit zur Disposition. König Johann III. (1521–1557) versprach für die Vermählung seiner ältesten Tochter Maria Manuela (1527–1545) die sehr hohe Mitgift von 300 000 Dukaten, ein unerwarteter Geldsegen, der Karl V. wegen seines Krieges gegen Frankreich nur zu gelegen kam. Schon im Mai 1543 wurden in Lissabon die ersten Hochzeitsfeierlichkeiten abgehalten, eine Ehezeremonie per procuratorem, bei der der Prinz durch einen kaiserlichen Botschafter vertreten wurde. Der Vollzug der Ehe sollte noch bis November 1543 auf sich warten lassen. Letztlich hatte die Prinzessin nur eine einzige Aufgabe zu erfüllen – sie sollte schwanger werden, um die Nachfolge im Königreich für die nächste Generation sicherzustellen. Maria Manuela von Portugal erfüllte diese Pflicht tatsächlich schon bald, sollte an dieser aber zugrunde gehen. Denn erst nach zwei Tagen voller heftiger und schmerzhafter Wehen erblickte ihr Sohn am 8. Juli 1545 das Licht der Welt. Die Mutter, entkräftet vom komplizierten Geburtsvorgang, starb nur vier Tage später an einer Infektion. Philipp II. wurde mit 18 Jahren Vater und Witwer. Sein Sohn Carlos (1545–1568) war so kränklich, dass lange Zeit auch um sein Leben gebangt wurde. Doch das schwächliche Kind überlebte, sollte allerdings später in zahlreiche Konflikte mit seinem Vater verstrickt werden.
