Als er aber nach einer kriegerischen Auseinandersetzung der Städte Assisi und Perugia für ein Jahr in Gefangenschaft gerät, nimmt eine tiefe Lebenskrise ihren Anfang. Da ist er knapp über Zwanzig, in der Mitte seines kurzen Lebens angelangt. Franz erkrankt. Und es scheint so, als stelle er sein ganzes bisheriges Wertesystem in Frage. Die Legenden berichten davon, wie er vor seiner Gefangenschaft den Anblick von Armut, Krankheit und Tod gescheut hatte. Im Galopp, hoch zu Ross pflegte er an den Leprakranken vor der Stadt vorüberzureiten, nicht ohne auch noch den Kopf abzuwenden und sich demonstrativ die Nase zuzuhalten. Dann aber bleibt er eines Tages unvermittelt stehen, als er einem Aussätzigen begegnet, er küsst dem Kranken die Hände wie einem Adligen und gibt ihm Almosen. Von diesem Zeitpunkt an sucht er die Kranken und Ausgestoßenen gezielt auf. Dabei erfährt er eine für ihn neue, ungeahnt tiefe Befriedigung: „Der Herr hat mich unter die Aussätzigen geführt”,
beschreibt Franziskus später dieses Schlüsselerlebnis, „und ich habe ihnen
Barmherzigkeit erwiesen. Und da ich fortging von ihnen, wurde mir das, was mir bitter vorkam, in Süßigkeit der Seele und des Leibes verwandelt. Und danach hielt ich eine Weile inne und verließ die Welt.”
Zum ersten Mal in seinem Leben hat sich Franz dem Leid der Welt zugewandt. Er verdrängt nun die Schattenseiten des Lebens nicht mehr, sondern schaut sie an und handelt. Damit verlieren sie ihre Schrecken. Diese Erkenntnis wird für ihn zum Auslöser für seine Umkehr. Er steigt aus. Er vernachlässigt seinen Beruf, zieht sich zur Meditation in die Wälder zurück, restauriert Kirchen, verschenkt das Geld seines Vaters an die Armen. In einer skandalösen Szene, in der er sich nackt auszieht und seinem Vater Kleider und Geld vor die Füße wirft, inszeniert er schließlich den endgültigen Bruch mit seinem Elternhaus. Vor den Toren von Assisi lässt er sich bei der kleinen Kapelle „Portiuncula” nieder.
Wieder schart er junge Männer um sich, diesmal unter umgekehrtem Vorzeichen: Vollständige Armut, Keuschheit und Demut sind die obersten Gebote seiner Bruderschaft. Nicht nur persönlicher Besitz ist den Brüdern untersagt, nein, auch der Gemeinschaft als ganzer ist es verboten, Gebäude oder andere Besitztümer zu erwerben. Das ist neu und revolutionär und ein Schlag gegen die Gepflogenheiten der reichen katholischen Orden. Geld dürfen die Brüder nicht einmal berühren! Nur in Naturalien lassen sie sich für handwerkliche Arbeiten entlohnen.
Die „Minderbrüder”, wie Franz sie nennt, dienen den Armen und Kranken und ziehen, wie er selbst, predigend durchs Land. Ihr Gruß lautet: „Der Herr gebe dir den Frieden”. „Alle Worte des Heiligen Franziskus liefen darauf hinaus, die Feindschaft auszulöschen und den Friedensbund wieder aufzubauen”, berichtet ein Chronist.
