Nichtsdestoweniger blieb Mergentheim zunächst eine Landkommende unter vielen. Sicher eine besonders prächtige, wie etwa die erhaltenen stauferzeitlichen Palasarkaden im Südflügel belegen. Erst herbe Niederlagen brachten Mergentheim in das Rampenlicht der Geschichte: Nach dem Rückzug aus dem Heiligen Land hatte der Hochmeister seinen Sitz zunächst nach Venedig und schließlich auf die Marienburg in Ostpreußen verlegt. 1525 führte der hohenzollerische Hochmeister Albrecht dort die Reformation ein und wandelte das Deutschordensland in ein weltliches Herzogtum um – eine katastrophale Entwicklung, denn gleichzeitig geriet die Nummer zwei in der Ordenshierarchie, der Deutschmeister, durch in Bedrängnis: Sein Sitz, die Burg Horneck am Neckar, wurde im Bauernkrieg gestürmt und geplündert. So verlegte der Deutschmeister seine Residenz nach Mergentheim, 1527 ernannte Kaiser Karl V. ihn zugleich zum Administrator des Hochmeistertums. Damit war Mergentheim zur Zentrale des Ordens geworden. Als sich Ende des 16. Jahrhunderts abzeichnete, daß Ostpreußen endgültig verloren war, wurde aus dem Provisorium eine dauerhafte Lösung für fast 300 Jahre.
Auch wenn der Orden seine politische Macht weitgehend verloren hatte, bedurfte der Hochmeister doch eines repräsentativen Residenzschlosses. So begann der Umbau der einstigen Wasserburg zu der stattlichen, kranzförmigen Anlage, wie sie sich dem Besucher heute darbietet. Damals entstanden auch die beiden außergewöhnlichen Wendeltreppen, von denen eine an der Unterseite ein aufwendiges Renaissancerelief erhielt. Dazu kamen herrschaftliche Gebäude für die Verwaltung des Ordens, dessen weit verstreuter Besitz von Mergentheim aus gelenkt wurde. Weitere Umbauten folgten im 18. Jahrhundert im Stil des Rokoko nach Plänen des Ordensbaumeisters Franz Anton Bagnato. Mit dem klassizistischen Hauptstiegenhaus entstand um 1799 die dritte bemerkenswerte Treppenanlage des Schlosses.
Die Tage der geistlichen Herrschaften waren damals bereits gezählt: Napoleon hob den Orden in den Rheinbundesstaaten 1809 auf, das Mergentheimer Territorium kassierte Württemberg. Die einstige Ordenszentrale sank herab zu einer kleinen Provinzstadt – ohne Hof und ohne Glanz. Das Schloß wurde zeitweise von Herzog Paul von Württemberg bewohnt, später diente es unter anderem als Kaserne. Doch Schloß und Orden erlebten eine Renaissance: 1834 wurde der Deutsche Orden in Österreich unter der Patronage der Habsburger offiziell wiedererrichtet; etwas länger dauerte es mit der “Wiedergeburt” der einstigen Residenz: Zwar gab es immer wieder Restaurierungen, doch erst in den 1980er und 1990er Jahren fand eine umfassende Sanierung dieses geschichtlich so bedeutsamen Komplexes statt.
Heute sind in dem Schloß mehrere museale Sammlungen untergebracht, deren wichtigste die Dokumentation der 800jährigen Geschichte des Deutschen Ordens im zweiten Obergeschoß ist. Dort befindet sich auch die aufwendig sanierte Fürstenwohnung im Stil des Rokoko mit ihren wieder freigelegten Deckenmalereien aus dem frühen 18. Jahrhundert, in deren Räumen einst die Hoch- und Deutschmeister residierten. Angelehnt an das Inventar von 1809 wurde bei der Sanierung die ursprüngliche Zimmerfolge wiederhergestellt, auch wurden die Räume entsprechend ausgestattet und möbliert. Höhepunkte der Besichtigung sind das Audienzzimmer mit dem rekonstruierten Thron sowie der klassizistische Kapitelsaal von 1782, dessen martialisch anmutende Dekoration die kriegerische Glanzzeit des Ordens in Erinnerung rief. Auf ihrem Weg durch die Fürstenwohnung können die Besucher noch einen ungewöhnlichen Blick von der Empore in die Schloßkirche werfen, ebenfalls ein Bau des 18. Jahrhunderts.
