Die Pest hat wie keine andere Krankheit die Geschichte des Abendlands geprägt und eine bis in die Gegenwart reichende Erinnerung hinterlassen. Die in den letzten Jahrzehnten geführte Debatte über die Identität des Schwarzen Todes – seit dem Anfang des 17. Jahrhunderts ist diese Bezeichnung für die Pestpandemie von 1347 bis 1353 üblich geworden – und der folgenden mittelalterlichen Pestepidemien ist durch neueste naturwissenschaftliche Forschungen gegenstandslos geworden. An verschiedenen Orten in England, Frankreich, Deutschland, den Niederlanden und Italien konnte von verschiedenen Forschungsteams genetisches Material aus Zähnen und Knochen von Pesttoten des 14. Jahrhunderts extrahiert und auf den Erreger der Krankheit hin untersucht werden. Das Ergebnis ist eindeutig, selbst wenn sich hartnäckig anderslautende Theorien von viralen Infektionskrankheiten und Zuschreibungen zu anderen Krankheiten halten: Der heutige Erreger der Pest, das von Alexandre Yersin 1894 entdeckte und nach ihm benannte Bakterium Yersinia pestis, hat auch den Schwarzen Tod und die Pestepidemien seither ausgelöst.
Als Europa 1347 mit der Pest konfrontiert wurde, war es das zweite Mal, dass diese sich epidemisch ausbreitende Krankheit Europa überzog. Das erste Mal war es die sogenannte Justinianische Pest, die mehr als zwei Jahrhunderte, in den Jahren 540/41 von Ägypten aus bis in die Mitte des 8. Jahrhunderts, den Mittelmeerraum, die damals am dichtesten bevölkerte Region, heimgesucht hatte. Diese Pest war im 14. Jahrhundert weitgehend in Vergessenheit geraten. Die Pestpandemie dieses Jahrhunderts hatte ihren Ausgangspunkt in Asien, wohl im Gebiet der heutigen Mongolei. Dass sie sich im Abendland ausbreitete, war die Folge des Aneinanderrückens von Ost und West durch die Ausdehnung des mongolischen Herrschaftsbereichs, in gewisser Weise also das Ergebnis einer frühen Globalisierung. Der französische Historiker Le Roy Ladurie hat dafür die einprägsame Formel der „Vereinigung der Welt durch Mikroben“ gefunden.
1346 hatte die Pest das Kaspische Meer erreicht. Während 1347 die Mongolen bzw. Tartaren die genuesische Handelsniederlassung Kaffa auf der Krim, das heutige Feodosia, belagerten, breitete sich in ihrem Heer die mitgebrachte Pest aus. Unter diesen Umständen war ein erfolgreicher Abschluss ihres Kriegszuges unmöglich geworden. Doch sollte wenigstens ihr Gegner mit ihnen untergehen. So entschlossen sie sich in einem letzten verzweifelten Versuch, den Gegner zu bezwingen, zu einem Akt biologischer Kriegführung, wie man heute sagen würde: Sie ließen mit Katapulten Pestleichen in die Stadt schleudern. Ob dies nun ursächlich für den Pestausbruch dort war oder eher die Ratten die Pest verbreiteten, lässt sich nicht entscheiden. Jedenfalls trugen die Genuesen, die fluchtartig die Stadt verließen, die Pest auf ihren Schiffen mit sich und brachten sie überall dahin, wo sie auf dem Weg in ihre Heimatstadt Station machten. Der erste Ort war naturgemäß auf der Fahrt durch die Dardanellen Konstantinopel, wo die Pest wohl Anfang Juli ausbrach. Von hier aus breitete sie sich entweder über Personen, die sich vor der Krankheit in Sicherheit zu bringen versuchten, oder über anlandende Schiffe an der kleinasiatischen Küste aus und erreichte die arabische Halbinsel. Ein arabischer Chronist erzählt von einem Sklavenschiff aus dem Schwarzen Meer, das auf seinem Weg nach Alexandria einen Großteil seiner Besatzung und fast alle der 300 Sklaven an Bord durch die Pest verloren hatte, bevor auch die zunächst Überlebenden im Hafen der Stadt starben. Westwärts waren Griechenland und Mazedonien die ersten betroffenen Gebiete, bevor von Messina aus, dem nächsten Hafen der Genuesen, die Pest sich im Oktober in Sizilien auszubreiten begann.
