Die Pest forderte auch nach 1500 weiter ihren Tribut: Etwa alle 15 Jahre kehrte sie zurück und hemmte das Bevölkerungswachstum in Europa jährlich um etwa 0,5 Prozent. In den 1630er Jahren führte sie in Italien nach einem Bevölkerungsverlust von rund einem Drittel sogar zur Reagrarisierung dieses Landes. Die Pestzüge endeten erst 1669 in Deutschland, 1720 in Frankreich (Marseille), 1747 auf dem Balkan (Debrecen) und 1771 in Russland. Inwiefern die weitgehend aus dem Mittelalter übernommenen Maßnahmen zur Pestbekämpfung dazu überhaupt beigetragen haben, ist umstritten – Änderungen bei den Überträgern sind eine Alterna-tiverklärung.
Hier soll Pestbekämpfung zunächst als Versuch betrachtet werden, gesellschaftliche Ordnung herzustellen. Schon mit der Wahrnehmung der Pest ließ sich gut Politik machen. So brachte die seit um 1500 zunehmende Konkurrenz der europäischen Mächte viele italienische Territorien unter fremde Herrschaft. In Pestzeiten bot dieser Verlust an Selbstbestimmung Anlass zu Gerüchten. Wollten die jeweiligen Besatzungsmächte nicht durch Einschleppen der Pest die unterworfenen Gebiete schwächen, um sie leichter beherrschen zu können? In Mailand unterstellte man das 1630 den Spaniern. Die neapo-litanische Oberschicht lenkte vorsorglich 1656 auf die Franzosen als Urheber ab.
Seit der Reformation erhob man solche Vorwürfe auch gegen Angehörige der jeweils anderen Konfessionen. So kam in dem calvinistischen Genf 1530 das Gerücht auf, dass Andersgläubige die Pest einschleppen wollten. 1628 bezichtigten katholische Prediger in Lyon die protestantischen Minderheiten des gleichen Verbrechens. Griechisch-Orthodoxe beschuldigten noch 1756 in Patras jüdische Familien der Verbreitung der Pest und ließen sie, eingemauert in der Stadtbefestigung, verhungern. In Ost- und Südosteu‧ropa hielten sich diese Vorwürfe gegen die Juden in der frühen Neuzeit länger, während sie in Mitteleuropa damals nur noch auf die fahrenden Juden – wie auf Trödelhändler überhaupt – bezogen wurden.
Schon im Mittelalter hatte man den Armen besondere Sündhaftigkeit unterstellt, welche die Pest angeblich als Gottesstrafe herausfordere. Gestützt wurden solche Zuschreibungen durch die Beobachtung, dass die Pest häufig in den ärmsten Vierteln ausbrach, wo Kleinhändler oder Landstreicher sie einschleppten. Schlechte Wohnverhältnisse und große Müllhaufen boten Ratten und Flöhen gute Übertragungsbedingungen. So wies man beim Ausbruch der Krankheit oft als Erstes die in diesen Stadtteilen lebenden Migranten aus. Anderenorts mussten diese in der Armut lebenden Fremdlinge die unangenehmsten Aufgaben der Pestbekämpfung übernehmen: Leichentransporte, Totengräberei und Lazarettpflege. Dabei kam es zu Diebstählen oder Erpressung durch Nahrungsentzug. Mancher Pestarbeiter erhoffte sich vom Fortdauern der Seuche weitere Geschäfte – und glaubte, mit Salben, die Substanzen von Infizierten enthielten, die Pest weiter verbreiten zu können.
