Um Nachrichten abhörsicher austauschen zu können, müssen beide Partner jeweils eines dieser Geräte besitzen und diese mit einem gewöhnlichen Glasfaserkabel verbinden. Durch quantenmechanisch verschränkte Photonen kann dann ein Verschlüsselungscode für die eigentliche Nachricht ausgetauscht werden. Das dafür benutzte BB-84-Protokoll stellt sicher, dass dieser Vorgang abhörsicher ist.
Sollte eine dritte Person die Übertragung des Schlüssels abhören, bricht die quantenmechanische Verschränkung der Photonen zusammen. Die beiden legitimen Parteien können daher feststellen, ob ihr Schlüsselaustausch abgehört wurde oder nicht. Im letzteren Falle kann dann die verschlüsselte Nachricht mittels gewöhnlicher, nicht auf quantemechanischen Effekten beruhender Verfahren versendet werden.
Navajo soll in seiner preiswertesten Variante etwa 50.000 Dollar pro Gerät kosten. Erste Zielgruppen sollen Finanzinstitute sowie militärische Einrichtungen sein. Da herkömmliche Glasfaserkabel zur Übertragung benutzt werden können, sollte allerdings auch einem breiteren Einsatz nichts im Wege stehen.