Man verschlüsselt mit zwei Alphabeten, die man durcheinander würfelt und übereinander schreibt.
JCTUEGLPVAIOYHKNFXRDMQSBWZ
NXMBQUJZOFIGCEYWAPVRHTKDLS
Die 14. Stelle wird markiert (*). (Im Prinzip könnte auch jede andere Stelle genommen werden, in Byrnes System ist es aber immer die 14.) Angenommen, das Wort WISSENSCHAFT soll verschlüsselt werden. Dazu sucht man zunächst den ersten Buchstaben (hier W) oben in der ersten Zeile. Der Buchstabe darunter gibt den verschlüsselten Buchstaben (hier L).
JCTUEGLPVAIOYHKNFXRDMQSBWZ
NXMBQUJZOFIGCEYWAPVRHTKDLS
Bevor man den nächsten Buchstaben verschlüsselt, werden die beiden Alphabete mithilfe des soeben erzeugten Buchstaben-pärchens aus Klartext (W) und Chiffre (L) neu gemischt, und zwar nach folgenden Regeln:
1. Man stelle die erste Zeile zyklisch um (permutiere sie), bis W ganz hinten steht.
ZJCTUEGLPVAIOYHKNFXRDMQSBW
NXMBQUJZOFIGCEYWAPVRHTKDLS
2. Man entferne den dritten Buchstaben in der ersten Zeile (C) und füge ihn an der Stelle * ein. Alle Buchstaben zwischen Position 4 und Position * wandern dadurch eine Stelle nach links.
ZJTUEGLPVAIOYCHKNFXRDMQSBW
NXMBQUJZOFIGCEYWAPVRHTKDLS
3. Man permutiere nun die zweite Zeile zyklisch, bis der aktuelle Chiffre-Buchstabe (L) ganz vorne steht.
ZJTUEGLPVAIOYCHKNFXRDMQSBW
LSNXMBQUJZOFIGCEYWAPVRHTKD
4. Man entferne den zweiten Buchstaben (S) in der zweiten Zeile und füge ihn an der Stelle * ein. Alle Buchstaben zwischen Position 2 und Position * wandern eine Stelle nach links.
ZJTUEGLPVAIOYCHKNFXRDMQSBW
LNXMBQUJZOFIGSCEYWAPVRHTKD
Nun kann der nächste Buchstabe verschlüsselt werden und so weiter. Das Wort WISSENSCHAFT ergibt dann chiffriert LFHRNGAVZLIY.
Zum Entschlüsseln muss man nur das erste Paar von Alphabeten kennen. Beispiel: Die Botschaft DEDLYXFHRE soll dechiffriert werden, ausgehend vom Alphabet-Pärchen
WVJPHYIOADSQGFNRLEKMCTZBUX
QKDZPIEXHYFLOVWNJMARCGUBTS
Sofort lässt sich ablesen, dass das D im Quelltext einem J entspricht. Die Alphabete werden neu gemischt, wie oben beschrieben, und man erhält:
PHIOADSQGFNRLYEKMCTZBUXWVJ
DPIEXHYFLOVWNZJMARCGUBTSQK
Offenkundig entspricht jetzt das E einem O. Wie lautet der vollständige Quelltext? Die Antwort steht unten rechts auf dieser Seite.




