Helligkeits-Messungen durch Hubble haben 1999 gezeigt, dass der Nukleus von Komet Holmes 3.400 Meter lang ist. Zurzeit ist der Kern nicht zu entdecken, doch das Team um Hal Weaver von der Johns Hopkins University hofft, die Länge bald erneut bestimmen zu können. So ließe sich ermitteln, ob bei dem Ausbruch ein Teil des Kometenkerns weggesprengt wurde.
Mögliche Fragmente sind allerdings nicht zu erkennen, weil Komet Holmes fast 230 Millionen Kilometer von der Erde entfernt ist. Im vergangenen Jahr steigerte der Komet Schwassmann-Wachmann 3 seine Helligkeit ebenfalls drastisch. Da sein Abstand zur Erde nur 1,5 Millionen Kilometer betrug, konnte Hubble mehrere Mini-Kometen entdecken, die bei dem Zerfall des Kometen entstanden waren.
Bilder von Amateur-Astronomen zeigen allerdings, dass der Kometenkern nicht genau im Zentrum der runden Koma liegt. Das könnte darauf hindeuten, dass der Komet ein Fragment verlor, das sich anschließend in Staub auflöste.
