Völlig problemlos ist die Verlängerung allerdings nicht: Die thermoelektrischen Radioisotopengeneratoren von Ulysses werden immer schwächer. Die Batterien beziehen ihre Kraft aus dem radioaktiven Zerfall von Plutonium 239. Lieferten sie zu Beginn der Reise noch 285 Watt, sind es jetzt nur noch 207, Tendenz fallend. Wenn alle wissenschaftlichen Instrumente von Ulysses gleichzeitig arbeiten, bleibt nicht mehr genug Strom für Heizgeräte, die die Treibstoffleitungen wärmen müssen – und der Treibstoff Hydrazin gefriert bei einem Grad Celsius.
Zurzeit müssen die Triebwerke etwa einmal pro Woche gezündet werden, um die Antenne auf die Erde zu richten. Sollten die Leitungen einfrieren, wäre das Raumschiff verloren. Das Bodenteam muss daher genau planen, wann welche Befehle zu Ulysses geschickt werden. Kürzlich beanspruchte eine Nachricht die Batterien so sehr, dass die Temperatur um 0,8 Grad absank und in gefährliche Nähe des Gefrierpunkts von Hydrazin kam. Zurzeit sind alle Messinstrumente aktiv und nehmen Daten vom Jupiter auf.
Demnächst wird die Sonde den Wendepunkt ihrer Bahn erreichen und wieder auf die Sonne zu eilen. Dabei bewegt sich Ulysses über der Ebene der Planeten, die Sonde überquert die Pole der Sonne. Ab 2007 können die Heizgeräte abgeschaltet werden. Dann reicht die Hitze der Sonne aus, um den Treibstoff vor dem Einfrieren zu bewahren.
