Mit der Ermordung Philipps von Schwaben 1208 war für seinen welfischen Rivalen Otto IV. der Weg auf den Kaiserthron frei geworden: Im Oktober 1209 empfing Otto die Kaiserkrone aus den Händen Papst Innozenz’ III., der sich in all den Jahren des Thronstreits als sein Gönner erwiesen hatte. Doch machte Otto nach der Zeremonie keine Anstalten, Italien zu verlassen, sehr zum Unmut des Papstes. Mehr noch, er erhob seinen Herrschaftsanspruch auch für die Gebiete, die er zuvor Innozenz zugesagt hatte. Dass er sich besonders nach Unteritalien und Sizilien wandte, mag dar-an liegen, dass er dort den Staufer Friedrich II. als ernstzunehmende Bedrohung für seine Herrschaft ausschalten wollte.
Innozenz III. war außer sich über den Verrat seines einstigen Schützlings. Als sich der Welfe zum Angriff auf Sizilien rüstete, strafte ihn der Papst mit dem Kirchenbann: Er sprach die Exkommunikation Ottos IV. aus und entband dessen Unter‧tanen von ihrem Treueid – wegen Treu- und Gottlosigkeit, und weil der Kaiser seine Entscheidung eigenmächtig ohne die Fürsten getroffen habe. Letzteres ist in der Tat ein Bruch mit den Gepflogenheiten mittelalterlicher „konsensualer“ Herrschaft, die auf ein tragfähiges Miteinander von Herrscher und Fürsten im Reich setzte. An seiner Ignoranz scheiterte Ottos Herrschaft letztlich. Während er seine militärischen Aktivitäten in Unteritalien fortsetzte, führte die Kunde von seiner Exkommunikation zu einer wachsenden Opposition im Reich und letztlich zur Wahl Friedrichs II. zum römisch-deutschen König.