Das ausgehende 12. Jahrhundert war eine Blütezeit für Peking. 1153 wurde es zu einem Verwaltungsmittelpunkt des Jin-Reiches und erhielt den Namen Zhongdu („Mittlere Hauptstadt“). Eine Mauer mit 13 Toren schützte die Stadt, die am Beginn des 13. Jahrhunderts etwa 400 000 Einwohner beherbergte. Die Herrscher der Jin-Dynastie ließen Zhongdu prächtig ausbauen und führten erstmals Papiergeld ein. Um ihr Reich nach außen zu schützen, unternahmen die Jin Militärzüge in die Mongolei und ließen die Chinesische Mauer ausbessern. Doch mit der Errichtung des Mongolenreiches unter Dschingis Khan wendete sich das Blatt. 1211 begann ein Krieg zwischen den beiden Reichen.
Nachdem die Jin die mongolischen Reiterheere zunächst hatten abwehren können, gelang Dschingis Khan 1213 die Überwindung der Großen Mauer und die Eroberung weiter Teile des Jin-Reiches. Jin-Herrscher Xuanzong bot ihm für den Rückzug seines Heeres hohe Tributzahlungen sowie eine jurchische Prinzessin als Ehefrau. Als Xuanzong seinen Hof aber ins südliche Kaifeng verlegte, wandte sich Dschingis Khan, erbost über diesen Vertragsbruch, wütend gegen Zhongdu. Die belagerte Stadt ergab sich am 1. Juni 1215. Die Eroberer richteten ein Blutbad in der Bevölkerung an und machten die Stadt beinahe dem Erdboden gleich. Erst unter Dschingis Khans Enkel Kublai Khan, seit 1271 Kaiser von China, wurde Zhongdu unter dem Namen Khanbalik wiederaufgebaut.